Cikal bakal Jurusan Antropologi dimulai saat Lembaga antropologi Universitas Cenderawasih didirikan berdasarkan SK MENTRI PTIP Nomor 82 tanggal 20 juli 1963. Statsu Lembaga Penelitian setingkat dengan Fakultas dan membawahi tiga bidang: Pendidikan, Penelitian dan Museum. Ketua Lembaga Penelitian, yakni Profesor Dr. R. Koentjaraningrat sejak 1963 hingga 1980 (dalam pelaksanaannya tugas ketua dilaksanakan oleh pelaksana harian: (1.Drs Anwas Iskandar, 1964 – 1974), (2. Dr. Suharno, 1975 – 1980). Lembaga Antropologi berubah status menjadi UPT Museum 1980 – sekarang. Kegiatan: Bidang Museum: Koleksi benda etnografi di berbagai tempat di Tanah Papua; Menginvetarisasi,  katalogisasi dan display benda-benda etnografi.

Jurusan antropologi di buka di Universitas cenderawasih pada tanggal 9 Januari 1978 dan berada di bawah Fakultas Ilimu Hukum, Ekonomi dan Sosial. Tenaga Pendidik: Terdiri atas tenaga dosen dari Universitas Cenderawasih dan tenaga dosen terbang dari Universitas Indonesia (Prof Dr. Koentjaraningrat, Prof Dr. Parsudi Suparlan, Prof Dr, James Dananjaya; Prof Dr. Nico Kana; Dra Anrni; Prof Dr. Thamrin Anggaloma). Tenaga dosen terbang dari Universitas Indonesia  pada akhir tahun 1987 berakhir dan seluruh kegiatan pendidikan dilaksanakan oleh tenaga dosen dari Universitas Cenderawasih sendiri, setelah sebagaian dari tenaga dan dosen pencangkokan kembali ke Universitas cenderawasi pada saat itu dan sesudahnya.

Berdasarkan Kepmen Pendidikan dan Kebudayaan no 0160/0/1983 maka sejak tahun 1983 jurusan Antropologi Universitas Cenderawasih bersama-sama dengan program-program studi lain dalam lingkungan Universitas Cenderawasi diperkenankan untuk menyelenggarakan program studi S1. Serta berdasarkan Kepmen Tahun 2011, Jurusan antropologi Universitas Cenderawasih  mendapat izin untuk melaksanakan program studi S2 di bawah Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik. Sejak Jurusan Antropologi Universitas didirikan pada tahun 1978 hingga kini (4o tahun usia) telah meluluskan mahasiswa program sarjana muda, S1 dan S2.